PathoWish科研工作流 · 实验记录

实验结果报告

已定位肺肿瘤 CT 分割与真值评价

已完成。本报告汇集本次运行已生成的结果、图表与待补充事项。

2026-10-15T12:11:09.006207+00:00研究运行run-ff1d12bb72

运行概况

步骤执行状态
prepare已完成
segment已完成
evaluate已完成
plots已完成
verify已完成

指标保留输出中的名称与数值。未提供的真值、对照实验与外部验证不推断为已完成。

关键结果与指标

指标 / 项目结果
cases3
mean_dice0.886073
mean_iou0.796923
per_case[{"case_id": "lung_001", "slice_z": 238, "true_positive": 190, "false_positive": 0, "false_negative": 66, "prediction_pixels": 190, "truth_pixels": 256, "dice": 0.852017937219731, "iou": 0.7421875, "precision": 1.0, "recall": 0.7421875, "pixel_area_mm2": 0.4807472229003906, "prediction_area_mm2": 91.34197235107422, "truth_area_mm2": 123.0712890625}, {"case_id": "lung_003", "slice_z": 142, "true_positive": 188, "false_positive": 0, "false_negative": 29, "prediction_pixels": 188, "truth_pixels": 217, "dice": …(摘录,完整内容见原文件)
evaluation_scopeThree prelocalized axial slices; full-slice GT; outside ROI predicted background.
localization_sourcePre-registered maximum-label-area slice and rounded centroid; fixed 65x65 ROI.
parameters_selected_using_evaluationFalse

结果图谱

localization_inputs.png
图 1 · localization_inputs.png
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
quantitative_results.png
图 2 · quantitative_results.png
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图 3 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-01.svg
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图 4 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-02.svg
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图 5 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-03.svg
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图 6 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-04.svg
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图 7 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-05.svg
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图 8 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-06.svg
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图 9 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-07.svg
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图 10 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-08.svg
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图 11 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-09.svg
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图 12 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-10.svg
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图 13 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-11.svg
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图 14 · reports/run-ff1d12bb72/analysis-distribution-12.svg
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图 15 · segmentation_seeds.png
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tumor_overlays.png
图 16 · tumor_overlays.png
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数据与统计

case_metrics.csv

分析 3 行

字段有效值均值中位数最小值最大值
slice_z3200.333221142238
true_positive3184.667188176190
false_positive30.666667002
false_negative347.3333472966
prediction_pixels3185.333188178190
truth_pixels3232223217256
dice30.8860730.8778050.8520180.928395
iou30.7969230.7822220.7421880.866359
precision30.99625510.9887641
recall30.7992620.7892380.7421880.866359
pixel_area_mm230.6818150.6857910.4807470.878906
prediction_area_mm23126.216122.07191.342165.234
truth_area_mm23155.575152.931123.071190.723

原始数据摘录 · 前 8 行,最多 12 列

case_idslice_ztrue_positivefalse_positivefalse_negativeprediction_pixelstruth_pixelsdiceiouprecisionrecallpixel_area_mm2
lung_0012381900661902560.8520179372197310.74218751.00.74218750.4807472229003906
lung_0031421880291882170.9283950617283950.86635944700460831.00.86635944700460830.87890625
lung_0042211762471782230.87780548628428920.78222222222222230.98876404494382020.78923766816143490.685791015625

本次选择与替换 · 供核对

项目采用方案选择依据影响 / 差异用户明确要求
分割方法固定beta=130的种子随机游走,65×65 ROI、1.5mm前景种子,所有病例同参数已定位病灶可用通用图分割,无需训练权重;符合现有CPU环境成果为已定位二维切面分割,保留所有病例真实评价未限定,由插件选择
数据读取兼容本项目有界NIfTI-1读取器,外部独立nibabel核验现有环境SimpleITK原生扩展不可用,未授权环境依赖更改严格支持已验证的scalar3D/mm/sform契约,不安装新依赖未限定,由插件选择
定位与评价输入登记最大标注面积切面与中心定位,完整轮廓只供评价最小真实已定位病灶案例,明确输入条件与评价范围固定前三例全部报告,ROI外预测为背景计入评价定位是方法输入,评价真值的轮廓不得用于预测或调参。

待补充事项与解释范围

执行记录未登记待补充项;科研结论仍需结合研究设计核对。