实验结果报告
NuCLS 细胞核实例分割与分类
已完成。本报告汇集本次运行已生成的结果、图表与待补充事项。
运行概况
| 步骤 | 执行状态 |
|---|---|
| train | 已完成 |
| infer | 已完成 |
| evaluate | 已完成 |
指标保留输出中的名称与数值。未提供的真值、对照实验与外部验证不推断为已完成。
关键结果与指标
| 指标 / 项目 | 结果 |
|---|---|
| test_patient | TCGA-A2-A0D0 |
| truth_instances | 72 |
| matched_instances | 61 |
| detection_recall_IoU_0.5 | 0.847222 |
| matched_class_accuracy | 0.721311 |
| classes | [{"class": "Tumor", "truth_instances": 13, "matched_instances": 11, "detection_recall_IoU_0.5": 0.8461538461538461, "matched_class_accuracy": 0.09090909090909091}, {"class": "Stromal", "truth_instances": 1, "matched_instances": 1, "detection_recall_IoU_0.5": 1.0, "matched_class_accuracy": 0.0}, {"class": "Lymphocyte", "truth_instances": 58, "matched_instances": 49, "detection_recall_IoU_0.5": 0.8448275862068966, "matched_class_accuracy": 0.8775510204081632}] |
| fovs | [{"fov": "TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527", "truth_instances": 37, "predicted_instances_whole_fov": 119, "matched_IoU_0.5": 36, "matched_class_correct": 34, "foreground_Dice_local": 0.9446593905795846, "valid_pixels": 37019, "omitted": {"rectangle:fibroblast": 9, "rectangle:lymphocyte": 12, "rectangle:unlabeled": 3, "polyline:unlabeled": 1, "overlap_conflict_pixels": 4, "instances_empty_after_overlap": 0}}, {"fov": "TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5…（摘录，完整内容见原文件） |
| evaluation_scope | QC polyline instances only; foreground Dice on contours plus nearby background excluding all annotation boxes; full-FOV precision not estimated |
结果图谱
显示副本；原始输出保留在结果文件夹。
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数据与统计
matches.csv
分析 72 行
| 字段 | 有效值 | 均值 | 中位数 | 最小值 | 最大值 |
|---|---|---|---|---|---|
| truth_instance | 72 | 14.5417 | 12.5 | 1 | 37 |
| matched_pred | 61 | 39.0492 | 39 | 4 | 85 |
| IoU | 61 | 0.705744 | 0.711911 | 0.528627 | 0.881436 |
原始数据摘录 · 前 8 行，最多 12 列
| fov | truth_instance | truth_class | matched_pred | predicted_class | IoU | correct_class |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 1 | Lymphocyte | 11.0 | Stromal | 0.528627015008338 | False |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 2 | Lymphocyte | 4.0 | Lymphocyte | 0.6495726495726496 | True |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 3 | Lymphocyte | 5.0 | Tumor | 0.7388493859082095 | False |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 4 | Lymphocyte | 12.0 | Lymphocyte | 0.7439236111111112 | True |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 5 | Lymphocyte | 30.0 | Lymphocyte | 0.7213883677298312 | True |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 6 | Lymphocyte | ||||
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 7 | Lymphocyte | 13.0 | Lymphocyte | 0.8153277931671283 | True |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 8 | Lymphocyte | 18.0 | Lymphocyte | 0.7322033898305085 | True |
metrics.csv
分析 3 行
| 字段 | 有效值 | 均值 | 中位数 | 最小值 | 最大值 |
|---|---|---|---|---|---|
| truth_instances | 3 | 24 | 13 | 1 | 58 |
| matched_instances | 3 | 20.3333 | 11 | 1 | 49 |
| detection_recall_IoU_0.5 | 3 | 0.896994 | 0.846154 | 0.844828 | 1 |
| matched_class_accuracy | 3 | 0.32282 | 0.0909091 | 0 | 0.877551 |
原始数据摘录 · 前 8 行，最多 12 列
| class | truth_instances | matched_instances | detection_recall_IoU_0.5 | matched_class_accuracy |
|---|---|---|---|---|
| Tumor | 13 | 11 | 0.8461538461538461 | 0.09090909090909091 |
| Stromal | 1 | 1 | 1.0 | 0.0 |
| Lymphocyte | 58 | 49 | 0.8448275862068966 | 0.8775510204081632 |
nuclei.csv
分析 313 行
| 字段 | 有效值 | 均值 | 中位数 | 最小值 | 最大值 |
|---|---|---|---|---|---|
| centroid_x | 313 | 180.653 | 180.854 | 1.30435 | 357.519 |
| centroid_y | 313 | 172.669 | 171.437 | 2.10448 | 361.318 |
| area_pixels | 313 | 722.565 | 585 | 18 | 5799 |
原始数据摘录 · 前 8 行，最多 12 列
| fov | instance_id | class_id | class | centroid_x | centroid_y | area_pixels |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 1 | 3 | Lymphocyte | 334.6046511627907 | 353.2864137086903 | 817.0 |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 2 | 1 | Tumor | 141.93213483146067 | 164.16449438202247 | 2225.0 |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 3 | 2 | Stromal | 31.03369434416366 | 329.09205776173286 | 1662.0 |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 4 | 3 | Lymphocyte | 277.57466063348414 | 133.50226244343892 | 1989.0 |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 5 | 1 | Tumor | 53.66056245912361 | 266.7841726618705 | 1529.0 |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 6 | 1 | Tumor | 46.63709677419355 | 354.9529569892473 | 744.0 |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 7 | 3 | Lymphocyte | 170.52102102102103 | 13.942942942942944 | 666.0 |
| TCGA-A2-A0D0-DX1_id-5ea40b17ddda5f839899849a_left-69243_top-41106_bottom-41400_right-69527 | 8 | 3 | Lymphocyte | 173.40609137055839 | 2.299492385786802 | 197.0 |
本次选择与替换 · 供核对
| 项目 | 采用方案 | 选择依据 | 影响 / 差异 | 用户明确要求 |
|---|---|---|---|---|
| 独立实现与依赖 | 从头实现最小CPU监督模型；仅复用方法与标签语义 | 已绑定数据足以训练；选择当前可导入的隔离环境 | 具体训练与留出范围写入METHODS.md，输出实测指标 | 未限定，由插件选择 |
待补充事项与解释范围
执行记录未登记待补充项；科研结论仍需结合研究设计核对。
- 描述统计只反映已生成的输出；不自动证明样本独立性、无数据泄漏、模型校准或外部泛化。
- 二分类指标仅在 CSV 提供 0/1 真值与 [0,1] 概率时计算；缺少类别时 AUROC 记为 null。