PathoWish科研工作流 · 实验记录

实验结果报告

BCSS 组织区域分割与分类

已完成。本报告汇集本次运行已生成的结果、图表与待补充事项。

2026-10-15T12:17:12.874711+00:00研究运行run-d8b7a54a4a

运行概况

步骤执行状态
reuse_verified已完成
evaluate已完成

指标保留输出中的名称与数值。未提供的真值、对照实验与外部验证不推断为已完成。

关键结果与指标

指标 / 项目结果
test_patientTCGA-A2-A04Q-DX1
valid_pixels517346
ignored_pixels70942
pixel_accuracy0.502712
macro_IoU_supported0.291321
macro_IoU_union_present0.218491
classes[{"class_id": 1, "class": "Tumor", "truth_pixels": 134127, "predicted_valid_pixels": 148005, "IoU": 0.4361809352188388, "Dice": 0.607417804431968}, {"class_id": 2, "class": "Stroma", "truth_pixels": 5178, "predicted_valid_pixels": 0, "IoU": 0.0, "Dice": 0.0}, {"class_id": 3, "class": "Lymphocytic infiltrate", "truth_pixels": 378041, "predicted_valid_pixels": 194698, "IoU": 0.43778194497789624, "Dice": 0.6089684830262999}, {"class_id": 4, "class": "Necrosis/debris", "truth_pixels": 0, "predicted_valid_pixels…(摘录,完整内容见原文件)
evaluation_scopeexplicit polygons only; all predictions in valid pixels included; no test-driven selection

结果图谱

class-metrics.png
图 1 · class-metrics.png
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
prediction.png
图 2 · prediction.png
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-01.svg
图 3 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-01.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 4 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-02.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 5 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-03.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 6 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-04.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 7 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-05.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 8 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-06.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 9 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-07.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 10 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-08.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 11 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-09.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 12 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-10.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
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图 13 · reports/run-d8b7a54a4a/analysis-distribution-11.svg
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。
tissue-panel.png
图 14 · tissue-panel.png
显示副本;原始输出保留在结果文件夹。

数据与统计

area.csv

分析 5 行

字段有效值均值中位数最小值最大值
predicted_pixels51176581699690219023
image_fraction50.20.28892100.372306

原始数据摘录 · 前 8 行,最多 12 列

class_idclasspredicted_pixelsimage_fraction
1Tumor1699690.28892141264142734
2Stroma00.0
3Lymphocytic infiltrate1992960.3387728459530026
4Necrosis/debris2190230.37230574140557005
9Fat00.0

confusion.csv

分析 5 行

字段有效值均值中位数最小值最大值
Tumor5296011572085686
Stroma50000
Lymphocytic infiltrate538939.61340174390
Necrosis/debris534928.634720142904
Fat50000

原始数据摘录 · 前 8 行,最多 12 列

TumorStromaLymphocytic infiltrateNecrosis/debrisFat
Tumor85686020174282670
Stroma1572013434720
Lymphocytic infiltrate6074701743901429040
Necrosis/debris00000
Fat00000

metrics.csv

分析 5 行

字段有效值均值中位数最小值最大值
truth_pixels510346951780378041
predicted_valid_pixels51034691480050194698
IoU40.2184910.2180900.437782
Dice40.3040970.30370900.608968

原始数据摘录 · 前 8 行,最多 12 列

class_idclasstruth_pixelspredicted_valid_pixelsIoUDice
1Tumor1341271480050.43618093521883880.607417804431968
2Stroma517800.00.0
3Lymphocytic infiltrate3780411946980.437781944977896240.6089684830262999
4Necrosis/debris01746430.00.0
9Fat00

本次选择与替换 · 供核对

项目采用方案选择依据影响 / 差异用户明确要求
独立实现与依赖从头实现最小CPU监督模型;仅复用方法与标签语义已绑定数据足以训练;选择当前可导入的隔离环境具体训练与留出范围写入METHODS.md,输出实测指标未限定,由插件选择
评价定义修正非空并集类别IoU计入;空并集才nullGT为0但有预测的坏死应记IoU/Dice为0新增四类非空并集宏IoU,保留三类GT支持均值;模型与预测逐字节复用未限定,由插件选择

待补充事项与解释范围

执行记录未登记待补充项;科研结论仍需结合研究设计核对。